Nachfolgend sind die Grundsätze zur Zusammenarbeit innerhalb der Arbeitsgruppen festgehalten:

1. Die Liste der FMH-internen Zuständigkeiten und Verantwortlich­kei­ten wird jährlich durch die Dach- und Fachgesellschaften überprüft und anschliessend durch das Cockpit genehmigt. 
2. Die Leading-Fachgesellschaften sind für die Bearbeitung der zugeteilten Kapitel und Sparten verantwortlich.
   ​​​​​​​Sie dürfen dabei keine Qualitativen Dignitäten streichen, ohne die betroffene Fachgesellschaften anzuhören und aktiv zu involvieren. Bei Uneinigkeit entscheidet das Cockpit. Sind mehrere Qualitative Dignitäten (z.B. die Qualitative Dignität «Alle» wird abgelöst durch spezifischere Dignitäten) betroffen, ist das Cockpit ebenfalls einzubeziehen.
3. Jede medizinische Gesellschaft kann ein Mitspracherecht bei den verantwortlichen Leading-Fachgesellschaften beantragen. Bei Uneinigkeit entscheidet das Cockpit. (Medizinische Gesellschaften mit einem Mitspracherecht sind in der Excel-Tabelle der Zuständigkeiten unter den Leading-Fachgesellschaften in Klammern erfasst.)
4. Mitspracheberechtigte Gesellschaften werden in die Arbeiten der entsprechenden Arbeitsgruppen (innerhalb der FMH oder der OAAT AG) involviert.
   
   Mitspracheberechtigte Organisationen und die Leading Fachgesellschaften organisieren sich dabei selbst.
   
   Gibt es bei der tarifarischen Arbeit Uneinigkeit, entscheidet das Cockpit.
5. Jede medizinische Gesellschaft hat ein Informationsrecht. (Medizinische Gesellschaften mit einem Informationsrecht sind in der Excel-Tabelle der Zuständigkeiten in einer eigenen Spalte aufgeführt.)
6. Die Leading-Fachgesellschaften informieren medizinische Gesellschaften mit Informationsrecht aktiv zu laufenden Arbeiten der entsprechenden Arbeitsgruppen (innerhalb der FMH oder der OAAT AG).
7. Generell besteht die Möglichkeit für alle medizinischen Gesellschaften sich bei Differenzen zu den von Leading-Fachgesellschaften und mit­spra­che­be­rech­tigten Gesellschaften getroffenen Entscheiden an das Cockpit zu wenden.
8. Die FMH publiziert alle von ihr an die OAAT AG eingereichten Anträge zu Tarifänderungen für alle ihr angeschlossenen medizinischen Gesellschaften (Anhang II, IIa, IIb, III der FMH-Statuten) unter myFMH.

​​​​​​​Die Fachgesellschaften müssen in den Arbeitsgruppen aber auch die Interessen von ihnen zugewiesenen Schwerpunkten und Fähig­keits­aus­weisen vertreten.